趣旨

日本生物物理学会のサブグループとして「生体分子シミュレーション・モデリング」を立ち上げて分野の交流・活性化を図りたく、発足を目指して第1回の研究会を開催します。サブグループの趣旨は以下の通りです。皆さまのご参加をお待ちしております。

タンパク質、核酸、脂質膜を含む生体分子系のシミュレーション・モデリングを行っている多様な研究者が定期的に集まる研究会を開催し、専門的な討論や交流を行える場をつくりたい。生体分子系のシミュレーション、シミュレーションと実験データを融合した数理モデリング、構造・機能予測、及びデザインなどを含む。近年、機械学習など新しい技術も導入されており、分野の発展には素早い情報交換が必要である。

We would like to organize a workshop on biomolecular simulations and modeling including proteins, nucleic acids, and lipid membranes for researchers in the field to discuss and communicate on a regular basis. Biomolecular simulations, mathematical modeling to integrate simulations and experimental data, structure/function predictions, rational designs, and etc. are included. Rapid communications among researchers are needed to advance the field, considering new techniques such as machine learning have been introduced in recent years.

日時・場所

  • 2021年3月29日(月)、30日(火)

  • Zoomによるオンライン開催

参加および講演希望登録

  • 締め切りました。ご登録いただきありがとうございました。

プログラム

Long talk 講演40分+質疑応答10分、 Short talk 講演20分+質疑応答10分

注意事項

  • 講演の録画やキャプチャは絶対に行わないこと
  • Zoomやオンライン懇親会の接続先情報を第三者へ知らせないこと

3月29日（月）

13:00 – 開会挨拶・趣旨説明 岡崎圭一 (分子研)

13:00 – 14:20 Session 1: Long talk 1, Short talk 1 (座長: 松永康佑)

  • 岡崎圭一 (分子研)「生体分子マシンにおける機能発現ダイナミクスの解明とその制御」 言語:日本語
  • 篠元輝 (京大)「RNA合成酵素の転写開始前複合体に関するマルチスケール分子シミュレーション研究」 言語:日本語

14:30 – 15:30 Session 2: Short talks 2 (座長: 近藤寛子)

  • 大貫隼 (早大)「誘電アロステリーによるアクチン繊維の脱重合機構」 言語:日本語
  • 山下雄史 (東大先端研)「抗原-抗体界面における塩橋安定性の理論的解析」 言語:日本語

15:40 – 17:10 Session 3: Short talks 3 (座長: 山下雄史)

  • 伊藤暁 (分子研) 「クーロンレプリカ置換法によるAβ全長の二量体形成過程」 言語:日本語
  • 栗崎以久男 (神戸大)「アミロイド線維様オリゴマーの熱力学的安定性解析」 言語:日本語
  • 奥村久士 (分子研) 「赤外自由電子レーザーによるアミロイド線維の破壊過程の非平衡分子動力学シミュレーション」 言語:日本語

3月30日（火）

9:00 – 10:00 Session 4: Short talks 2 (座長: 奥村久士)

  • 米谷佳晃 (量研)「水のアクセスで始まる蛋白質-リガンド解離の自由エネルギー地形解析」 言語:日本語
  • 丸山豊 (理研)「膜中の蛋白質の溶媒和自由エネルギー計算」 言語:日本語

10:10 – 11:30 Session 5: Long talk 1, short talk 1 (座長: 米谷佳晃)

  • 小杉貴洋 (分子研)「タンパク質機能を設計・制御する」 言語:日本語
  • 齊藤優 (慶應大)「ニューラルネットを用いた粗視化鎖状高分子のシミュレーション」 言語:日本語

集合写真の撮影

昼食

13:00 – 14:20 Session 6: Long talk 1, Short talk 1 (座長: 小杉貴洋)

  • 森俊文 (九大)「生体分子の構造形成と機能発現の動的分子機構」 言語:日本語
  • 笠原浩太 (立命館)「Virtual-system coupled canonical molecular dynamics法の開発と応用」 言語:日本語

14:30 – 15:30 Session 7: Short talks 2 (座長: 森俊文)

  • 横井駿 (明大)「クラスA GPCRsのオレキシン2受容体の動的性質の研究」 言語:日本語
  • 大金智則 (埼玉大)「高速AFM時系列データの隠れマルコフモデリング」 言語:日本語

15:40 – 17:10 Session 8: Short talks 3 (座長: 高田彰二)

  • Fritz Nagae (京大)「レーンスイッチメカニズムによるヌクレオソームリポジショニング」 言語:日本語
  • 爲本尚樹 (東大物性研)「膜変形とカップリングした反応拡散モデルによる進行波パターンの解析」 言語:日本語
  • 山本詠士 (慶応大)「溶媒中でのタンパク質の構造ゆらぎにより生じる拡散性のゆらぎ」 言語:日本語

17:10 閉会挨拶 松永康佑 (埼玉大)

18:30 – オンライン懇親会 (途中入退出自由)

世話人

  • 岡崎圭一 (代表、分子科学研究所)   keokazaki [at] ims.ac.jp

  • 松永康佑 (副代表、埼玉大学)   ymatsunaga [at] mail.saitama-u.ac.jp

  • 高田彰二 (京都大学)